Som et led i et planlagt generationsskifte trådte Poul Erik Bæk i 1998 tilbage fra den daglige ledelse, og overlod roret til den nye administrerende direktør, Jørgen Bæk-Mikkelsen , som kendte virksomheden fra en periode som medlem af bestyrelsen.

Generationsskiftet fuldendtes året efter, hvor Jørgen Bæk-Mikkelsen som hovedaktionær stod i spidsen for et Management-Buy-Out med deltagelse af de øvrige medlemmer af ledelsesgruppen. 10 år senere var tiden så moden til endnu et generationsskifte, idet norskejede Kavli Holding ultimo 2008 købte aktierne i Pebas A/S af ejerlederne.

I 2000 fik Pebas som den første læskedriksproducent i verden certificeret sit HACCP-kvalitetsstyringssystem. Samme år lanceredes Grønne Gaarden, som er et økologisk højkvalitetssortiment af frugtdrikkoncentrater uden farve og konserveringsmidler, og året efter kom en færdigdrikudgave på markedet. Grønne Gaarden er blevet en stor succes, og udgør i dag næsten 25% af omsætningen. Som en helt naturlig følge af udviklingen blev Pebas i slutningen af 2003 miljøcertificeret (ISO 14001). I 2005 er vi desuden blevet certificeret efter de internationale kvalitetssikringsstandarder BRC og IFS. Efterfølgende er HACCP-certificeringen blevet opgraderet til ISO22000.

Cateringafdelingen har tredoblet sin omsætning de sidste fem år gennem en kraftig markedsudvidelse af SCOOP slushice, der er markedsleder, og markedsføring af nye koncepter for højkvalitets saftevand og sodavand under SCOOP Premium mærket.

I tillæg hertil er det lykkedes med en stor udvidelse af private label omsætningen både på eksport- og hjemmemarked, og Pebas har i dag en sund portefølje med mange kunder og forretningsområder.

I dag er Pebas er ejet af Kavli Holding i Norge, der igen er ejet af O. Kavli og Knut Kavlis Almennyttige Fond, Kavlifonden. Fonden uddeler af sit overskud til forskning, kultur og humanitære formål.